Minnet av digerdöden levde länge kvar i folkmedvetandet och fick näring genom ständigt nya pestepidemier. Det var först på 1720-talet som sjukdomen helt försvann från Europa, i samband med att den pestbärande loppan hos den svarta råttan, som utkonkurrerades av den ofarligare brunråttan.
Digerdöden gick särskilt hårt fram bland prästerna, som i sin hjälpverksamhet var speciellt utsatta för smitta. Av Skara stifts 500 präster fanns efter digerdödens härjningar bara 34 kvar i livet. Som en liten ljusglimt i allt mörker kan noteras, att digerdöden bidrog till att i stort sett ta kål på spetälskan. Allmäntillståndet hos de spetälska var nämligen så svagt att de dukade under av pesten.
Under Gustav Vasas tid och efter reformationens seger vid Västerås riksdag 1527 försvann en hel del av det sjukvårdssystem som den katolska kyrkan byggt upp. Klosterväsendet avskaffades och de fromma stiftelsernas egendom drogs in till staten. Samtidigt upphörde tiondet, som varit en av förutsättningarna för att kyrkan skulle kunna hjälpa sjuka och fattiga. Hospitalväsendet blev dock kvar, och hospitalen hörde till de få medeltida institutioner som överlevde reformationstiden.
Efter reformationens genomförande överfördes uppgiften att ordna med sjuk- och fattigvård till staten. Men de statliga resurserna var mycket begränsade. Med motiveringen att samhällets hospital var få och att de sjuka och fattiga var väldigt många fastslogs det i kyrkoordningen från 1571, att det även ute i socknarna skulle uppföras mindre sjukstugor för 4-6 personer. Här trädde alltså för första gången socknen fram som en organisatorisk enhet i sjuk- och fattigvården. Ett antal sjuk- och fattigstugor byggdes också i enlighet med kyrkoordningens intentioner. Men eftersom behovet var enormt, kan åtgärderna närmast liknas vid droppar i havet.
Efter engelska förebilder presenterade Gustav II Adolf 1624 ett förslag till en sjuk- och fattigvårdsreform. Förslaget innebar att antalet hospital skulle minskas till endast ett i varje provins. De befintliga 21 hospitalen skulle reduceras till 11 genom att mindre hospital slogs samman till större. I varje provins skulle dessutom barnhus uppföras, där föräldralösa barn togs om hand. De av kyrkoordningen anbefallda sockenstugorna skulle däremot rivas, då man ansåg att ÓKäringe Stugur var rätte Orsaken till all Lättia och TiggerijÓ. Vården skulle betalas antingen av husbonden, anhöriga eller av stad eller socken. Kungens reform mötte emellertid starkt motstånd särskilt från bönderna och även om riksdagen antog förslaget, blev det endast en lag på papperet och genomfördes aldrig.
Grundsatsen att socknen skulle ta hand om de sjuka och fattiga framkallade ett behov av att lagstiftningsvägen reglera hemortsbegreppet för att kunna bestämma till vilken socken en person hörde. Genom olika lagar försökte man hindra socknarnas strävan att vältra över sjuk- och fattigvårdsbördan på annan socken. Hur bestämmelserna om sjukas och fattigas hemortsrätt skulle tolkas kom länge att bli en allvarlig tvistefråga, ofta i osympatiska former. Det blev ett slags allas krig mot alla och kallades därför allmänt för sockenkriget. Under 1700-talet blev principen om socknens skyldighet att ta hand om sina sjuka och fattiga allmänt accepterad. Men det dröjde till 1763 års hospitalsordning, innan denna skyldighet uttryckligen fastslogs.
Det gjordes under 1600-talet flera försök att centralt organisera fattig- och sjukvården. Axel Oxenstierna hade velat inrätta ett centralt ämbetsverk för fattigvården, men hade mött starkt motstånd inte bara från sockennivå utan också från bönderna och prästerna i ståndsriksdagen. Mer framgångsrik skulle man emellertid bli med att bygga upp ett ämbetsverk för sjukvården
I mitten av 1600-talet fanns det bara ett fåtal vad vi idag skulle kalla läkare, alltså professionella utövare av läkekonsten. Den som blev sjuk fick gå till apotekaren, byns kloka gumma eller någon kvacksalvare. Någon myndighet som kontrollerade den medicinska verksamheten existerade inte. Den lilla grupp läkare som arbetade i Stockholm på den tiden ("provinsen" var knappast att räkna med i det här avseendet) bestod främst av utlänningar. Den inhemska medicinutbildningen var i stort sett lika med noll. Kirurgin stod helt skild från medicinen och räknades inte som någon vetenskap. Den sköttes av bardskärarna (barberarna) och det var mycket noga med att de inte fick ge sig på några invärtes åkommor.
Forts. Hur det började.